En STRI, la evolución se estudia por medio de sus dos mayores componentes: el estudio de la adaptación y la reconstrucción de cambios a través del tiempo. Las adaptaciones de comportamiento en particular han recibido mucha atención, y un número de científicos residentes de STRI están llevando a cabo investigaciones que buscan contestar preguntas relacionadas a cómo los organismos escogen y atraen a sus parejas, y qué componentes de su comportamiento contribuyen a su aptitud. Los científicos de STRI usan la evidencia de fósiles así como los indicadores moleculares para reconstruir las trayectorias históricas de cambios evolutivos. Preguntas sobre especiación y tasas de evolución son enormemente favorecidas por la ubicación estratégica de STRI en Panamá, un puente terrestre que separó las poblaciones marinas al tiempo que unió las de tierra y de agua dulce hace 3 millones de años.
Personal científico que realiza investigaciones en Evolución
- Annette Aiello
- Eldredge Bermingham
- John Christy
- William G. Eberhard
- Egbert Leigh
- Harilaos Lessios
- Mary Jane West-Eberhard
- William Wcislo

